Cuando contaba apenas 12 años de edad, en 1808, ingresó a los Dragones de la Reina. El 12 de septiembre de 1812, se incorporó como sargento en el Regimiento Húsares de la Gran Guardia, iniciando así su brillante actuación en el ejército chileno, en que le tocó participar en sucesivos combates y batallas a lo largo de toda la guerra de la Independencia. En 1818 pasó a servir en el Regimiento Cazadores a Caballo, en el que prestaría servicios por casi 22 años. Tras la Batalla de Maipú, fue premiado por su desempeño con una medalla de oro y un cordón de plata. Luego en las campañas posteriores, Baquedano continuó distinguiéndose y destacándose: en el sur, contra los montoneros realistas aliados a los araucanos; en la Expedición al Perú; en la primera campaña a Chiloé; y en una larga lista de acciones de guerra: el Combate de Ochagavía, la Batalla de Lircay, y en 1831 y 1832, bajo el mando de Bulnes, en la campaña definitiva contra los Pincheira.

Con el grado de coronel obtenido el 11 de enero de 1838, partió en la expedición contra la Confederación Perú-Boliviana, una vez más a las órdenes del general Bulnes, y tuvo brillante y decisiva participación en el Combate de Portada de Guía el 21 de agosto de 1838 y, finalmente, su más importante actuación en el callejón de Huaylas, en la decisiva Batalla de Yungay, lo que le valió regresar a Chile con dos medallas de oro. El 2 de abril de 1839 se le ascendió a General de Brigada.

Su última acción militar sería en la Batalla de Loncomilla en 1851, en que, paradojas del destino, se enfrentaría al ejército al mando de su antiguo jefe, el general Bulnes y del que formaba parte su hijo Manuel. Aquí, tras la derrota, un abrazo con el hijo y adversario y el final de una carrera militar plena y lograda.
El general Fernando Baquedano había casado con doña Teresa González Res, el 18 de agosto de 1818, matrimonio del que nacieron tres hijos, entre ellos, el que sería gran general en la Guerra del Pacífico, Manuel Baquedano González.. Fallecida su esposa, contrajo segundas nupcias con doña Mercedes Concha Fuentealba en 1848, matrimonio en que tuvo seis hijos.

Tras su retiro, .el general Fernando Baquedano se radicó en Concepción donde vi¬vió sus últimos años, prestigiado, querido y admirado por todos, y en esa ciudad falleció víctima de un ataque de apoplejía, el 20 de octubre de 1862.